目前，孙晓琦团队已构建起新型的清洁高效稀土分离技术体系，包括新型萃取剂和分离材料、稀土矿浸出液富集技术、重稀土分离工艺、离子液皂化技术、放射性废渣综合处理技术等。其创新性工作相继在《美国化学工程师学会会志》《美国化学会可持续化学与工程》《绿色化学》等国际期刊发表，并入选英国化学工程师学会全球奖、中国化工学会侯德榜化工科学技术奖、中国稀土学会杰出工程师奖。

        “从工程技术中发现基础科学问题，再将基础研究所取得的成果应用于工业实践”，目前该所已组建稀土高效清洁分离团队、稀土回收技术研发团队等8个产业化研发团队，加快所研发技术在行业内的推广，推动我国离子型稀土分离工业的发展。